Los funcionarios públicos a contrata gozan de estabilidad laboral gracias al principio de confianza legítima reconocido por la Contraloría General de la República. Aunque las municipalidades, servicios públicos y otros órganos administrativos pueden poner término a sus contratos si cumplen con ciertos requisitos, como dos o más renovaciones anuales sin interrupción. Para cesar en funciones a un funcionario a contrata, se debe emitir un acto administrativo fundado y notificarlo personalmente antes del 30 de noviembre o con treinta días de anticipación al inicio del año escolar en el caso de los docentes. En caso de mala evaluación o infracciones a los deberes u obligaciones laborales de los funcionarios, es necesario seguir los procedimientos calificatorios y disciplinarios correspondientes.